A amostragem do solo é uma das partes principais do processo de geração de créditos de carbono. Com ela é possível conhecer o estoque inicial de carbono no solo, antes da adoção de práticas agrícolas que adicionem carbono ao solo. Antes d a amostragem de solo , é necessário realizar a estratificação da área em zonas menores, que sejam o mais homogêneas possíveis em termos de variabilidade do estoque de carbono. Para estratificar a área, dados de elevação, declividade, manejo histórico, precipitação, textura, e outros são utilizados junto com a análise de cluster para dividir a fazenda em estratos ou zonas homogêneas . Dentro de cada estrato, pontos de coleta são alocados aleatoriamente, sendo que o  número de amostras em cada estrato é proporcional a área do estrato. Assim, estratos maiores recebem um número maior de amostras.

O número total de amostras a ser coletado em uma determinada área irá depender de vários fatores, mas principalmente da existência de dados legados de estoque ou teor de carbono no solo e sua variabilidade (na forma de desvio padrão). Na maioria dos casos, porém, não é possível obter dados anteriores do estoque de carbono e portanto, a densidade amostral pode variar de 1 ponto de coleta a cada 5 a 10 hectares. Antes da
estratificação e amostragem também é feita uma análise de qualidade das áreas, onde construções, pavimentos, rodovias, instalações, rios, lagos, florestas e arvores espalhadas são excluídas para garantir que somente o solo sob pastagem ou agricultura será incluído no projeto.

A amostragem envolve a coleta de solo até 30 cm de profundidade (em duas sub profundidades, 0 15 e 15 30 cm), com sonda manual ou hidráulica de comprimento e diâmetro mínimo 15 e 2,54 cm, respectivamente. Dois tipos de amostras em cada ponto são coletados. O primeiro conjunto de amostras consiste em 4 amostras simples coletadas em cada profundidade, totalizando 8 amostras para cada ponto de coleta, colocadas em embalagens diferentes, para determinação da massa seca de solo , medido em gramas (pontos amarelos na imagem) imagem).

O segundo conjunto de amostras consiste na coleta de 4 amostras simples para formar 1 amostra composta para cada profundidade, totalizando 2 amostras compostas para cada ponto de coleta, que serão utilizadas para determinação d a concentração de carbono, expresso em porcentagem ou g/kg. Todas as subamostras são coletadas até uma distância máxima de 5m do ponto georreferenciado, n as diagonais, como mostrado na figura.